La Escuela de Economía Agrícola,  desde 1994 ha venido desarrollando programas de Postgrado y Maestría. Hasta el año 2001 se ofrecieron ocho posgrado en Política Económica.

La apertura del  programa de postgrado en Economía se ofreció con mención en Política Económica y Economía Agrícola, iniciando con un curso piloto integrado en su mayoría por profesores tanto de la ESECA como de la Escuela de Economía y Matemática. En total se produjeron ocho ediciones hasta el año 2001.    

A partir del año 2002,  se da inicio a la primera edición del actual programa del Maestría en Economía Agrícola, con dos salidas de especialización: Agroindustria y Desarrollo Rural donde participan tanto docentes de la ESECA como profesores externos. En junio del 2006 se inicia la quinta edición.

Durante todas estas ediciones tanto del programa de postgrado como de la maestría han logrado egresar profesionales  que actualmente  ocupan importantes cargos en diferentes instituciones tanto públicas como privadas, así como en organismos internacionales.

Actualmente, además del Curso de Maestría, la Escuela ofrece cursos de diplomado en:

Evaluación de Impacto Ambiental.
Economía de los Recursos Naturales
Valoración Económica Ambiental
Gestión Ambiental de Empresas
Auditoría Ambiental.

Cursos de Actualización:

Formulación y Evaluación de Proyectos de Inversión Agrícolas.
Investigación Agrícola con el Uso del SPSS
Aplicación de Métodos Cuantitativos en la Investigación Agrícola
Curso de Actualización en SPSS.
Técnicas Econométricas para la Priorización de Inversiones públicas en Infraestructura, con el uso del STATA.